La naturothérapie a été pratiquée en Occident jusqu’au début du XXè siècle. L’apparition des médicaments chimiques a profondément modifié la pratique médicale et fait tomber en désuétude les médecines traditionnelles.
À partir de la fin du XIXe siècle, la médecine découvre et intègre une foule d’approches empiriques allant de l’homéopathie à l’hypnose, en passant par l’herboristerie.
C’est dans cette mouvance que l’Allemand Benedict Lust , médecin, ostéopathe et chiropraticien, fonde la naturothérapie. En 1902, il inaugure, à New York, la première école de naturothérapie : on y enseigne l’hydrothérapie, l’herboristerie, la nutrition, la physiothérapie, la physiologie, la psychologie et une foule d’autres techniques thérapeutiques.
C’est ainsi que, dans le premier quart du XXe siècle, s’ouvriront aux États-Unis quelques douzaines d’écoles de médecine naturopathique.
Parallèlement à ce foisonnement, se développait une médecine davantage axée sur les interventions chirurgicales dites « lourdes » et sur les médicaments de synthèse issus de l’industrie pharmaceutique naissante. Cette approche, finit par gagner la faveur des facultés de médecine des grandes universités de l’Occident. Seuls les médecins formés dans les facultés de médecine sont alors autorisés à diagnostiquer et à traiter les maladies. Résultat : la majorité des écoles naturopathiques ferment leurs portes.
Cependant, à partir des années 1970, la naturothérapie connaît un regain de popularité auprès du public.
En 1983, l’Organisation mondiale de la Santé recommandait aux autorités médicales de tous les pays d’intégrer la naturothérapie aux services de santé publics.